Cieľom Paneurópskej vysokej školy je  rozvíjať vedu, základný a aplikovaný výskum, vývoj a umeleckú činnosť, a tým posilniť postavenie Paneurópskej vysokej školy v oblasti vedy a výskumu  v domácom a medzinárodnom kontexte.

Tento cieľ napĺňa prostredníctvom činností výskumných tímov na jednotlivých fakultách a kreovaním multidisciplinárnych výskumných tímov v témach, ktoré vyžadujú prepojenie expertných pohľadov z rôznych vedných odborov rozvíjaných na PEVŠ.

Na základe oceňovaných výsledkov výskumnej činnosti identifikovali fakulty PEVŠ prioritné oblasti výskumu, v ktorých rozvíjajú vedecko-výskumnú činnosť. Oblasti výskumu reagujú na potreby spoločnosti a na výskumné výzvy v medzinárodnom kontexte, čo otvára možnosti zapojenia sa do národných a nadnárodných výskumných tímov. Aktuálne smerovanie výskumu PEVŠ reaguje na témy duševného zdravia v školskom a pracovnom prostredí, využívania a dopadov virtuálnej reality a AI modelov, ľudských práv a etiky mediálnej komunikácie. Všetky prioritné oblasti výskumu sú uvedené pod jednotlivými fakultami.