Prioritou Paneurópskej vysokej školy v oblasti vedy a výskumu je  rozvíjať poznanie v akreditovaných študijných odboroch prostredníctvom realizácie základného a aplikovaného výskumu, a tak budovať modernú výskumnú a inovatívnu inštitúciu.

V roku 2024 bolo vytvorené Centrum pre výskum a vývoj  ktoré na PEVŠ koordinuje výskumné aktivity a metodicky podporuje výskumné aktivity fakúlt. K prioritám CVV patrí vyhľadávanie príležitostí na realizáciu multidisciplinárnych výskumov, podpora vytvárania multidisciplinárnych výskumných tímov na PEVŠ a podpora medzinárodných partnerstiev v oblasti výskumu.

Na základe realizovaných vedeckých projektov s medzinárodne akceptovanými výstupmi a pozitívnymi ohlasmi na národnej úrovni v intenciách svojej inštitucionálnej spoločenskej zodpovednosti identifikovala PEVŠ prioritné oblasti výskumu, v ktorých chce naďalej rozvíjať vedecké poznanie a získané poznatky implementovať do praxe.

Výsledky výskumnej a vedeckej činnosti sú prezentované akademikom, študentom a aj širšej verejnosti prostredníctvom realizácie vedeckých podujatí, popularizačných aktivít  (preklik) a inovovaním obsahu akreditovaných študijných programov.

Samostatnou a dôležitou témou je posilňovanie výskumných a vedeckých kapacít v spoločnosti a rozvoj mladých výskumníkov. PEVŠ podporuje zapojenie študentov všetkých stupňov štúdia do vedecko-výskumnej a umeleckej činnosti a rozvíja doktorandskú školu.